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          真菌de novo 測序

          產品介紹常見問題經典案例結果展示


          無限未來的創造者————真菌基因組

          真菌基因組研究,是通過基因組測序和組裝
          獲得真菌全基因組序列,并對其進行結構和功能研究的方法。依據研究目標所需精細程度的不同,
          我們提供了真菌框架圖、精細圖和作為真菌精細圖前置的真菌Survey三種不同的解決方案。
          對這些菌株的深入研究,也讓我們能夠更好的了解和利用真菌資源,創造出更大的價值。

          多樣化基因組解決方案

          多平臺的選擇,不同精細程度的真菌基因組測序方案,適用不同研究背景,
          為您量身定制最適宜的真菌基因組解決方案。

          產品 測序平臺 測序策略 組裝指標 適用范圍 項目周期
          真菌Survey Illumina PE150 350bp文庫 ≥ 100X 估算基因組大小
          評估組裝難度
          30個自然日
          真菌框架圖 Illumina PE150 350bp文庫 ≥ 100X 大量菌株
          框架測序
          45個自然日
          真菌精細圖 PacBio PacBio文庫 ≥ 70X
          350bp文庫 ≥ 20X
          基因組<100 Mb
          CN50*≥1 Mb;
          基因組≥100 Mb
          CN50*≥500 Kb
          少量個體
          精細組裝
          90個自然日

          科學方案設計

          從材料選取,建庫測序,到數據分析,
          每一步都需要科學、縝密的設計,以保障高質量研究成果。

          信息分析

          分析內容=標準分析+高級分析。
          不同精細程度的真菌基因組信息分析,解密真菌的發展歷程,探究其潛在價值。

          研究領域 具體內容 作用
          基因組組裝 基因組組裝及結果評估 組裝獲得高質量的基因組序列
          基因組結構研究 編碼基因預測 多種預測途徑獲得可靠編碼基因信息
          ncRNA預測 預測非編碼RNA結構
          重復序列分析 分析基因組重復序列結構
          基因基本功能注釋 常見功能數據庫注釋
          (NR、GO、KOG、KEGG 、Pfam 、SwissProt、TCDB、CAZy)
          通過常見權威數據庫解釋編碼基因功能
          菌株致病相關研究 病原與宿主互作(PHI)、分泌蛋白、次級代謝產物基因簇、
          細胞色素P450、真菌毒力因子(DFVF)
          從胞外分泌、宿主互作等機制解釋菌株致病性

          深入到位的數據挖掘

          不論是個體深入變異解析,還是群體進化歷史解讀,我們都有完備的解決方案,
          為您解決關心的生物學問題。

          研究目標 應用技術 解決問題
          個體深入變異解析 基因組間共線性分析 基因組一對一共線性比較
          尋找基因組間同源序列
          基因組間變異檢測 以共線性區域為基礎
          全面解析基因組間變異信息
          群體進化歷史解讀 基因家族構建 基于MCL算法精準聚類
          單拷貝基因用于進化分析
          進化樹構建 構建菌株間進化關系
          解析菌株起源傳播規律

          悅讀高質量測序數據,盡享HPC澎湃動力

          真菌基因組測序采用先進的Illumina、PacBio測序平臺,快速、高效地讀取高質量的測序數據。
          諾禾致源高性能計算平臺(High Performance Computing,HPC)采用DELL計算節點和Isilon存儲的高效組合,
          實現快速穩定的測序數據分析及交付。隨著公司業務的發展,高性能計算平臺將會持續更新并擴容,
          以保證高效的數據處理和安全的數據存儲。

          出色完成每一個項目環節

          諾禾致源微生物客戶遍布全球,截止2017年12月,已發表20余篇微生物文章,
          單菌完成樣品數超過20000個,項目合作領域涵蓋了動植物致病菌、工業菌、益生菌、環境菌株等廣泛領域。
          “科學的方案設計,嚴格的質控管理,專業的分析團隊,豐富的項目經驗,優質的項目服務”
          確保每一個環節都能出色完成,助力科學研究。

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