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          细菌基因组测序

          丰富,全面,到位。

          探究无限神奇的过去与未来

          细菌基因组研究,是通过基因组测序和组装,获得细菌全基因组序列,
          并对其进行结构和功能研究的方法,依据研究目标精细程度不同,我们提供了细菌框架图、
          细菌精细图和细菌完成图三种不同的解决方案。通过对这些细菌的测序研究,
          我们可以更好地了解和掌控菌株的生理过程,让细菌更好地为我们所用。

          科学方案设计

          从材料选取,建库测序,到数据分析,每一步都需要科学、缜密的设计,以保障高质量研究成果。
          多平台的选择,不同精细程度的细菌基因组测序方案,适用不同应用场景,
          为您量身定制最适宜的细菌基因组解决方案。

          产品 测序平台 测序策略 组装指标 适用场景 项目周期
          细菌框架图 HiSeq PE150 350 bp文库 ≥ 100 X 大规模测序
          快速扫描
          30个自然日
          细菌精细图 HiSeq PE150 350 bp文库 ≥100X
          6 Kbp文库 ≥100X
          ≤30 scaffolds 中等规模测序
          适度精细
          45个自然日
          细菌完成图 PacBio RS II 10 Kb SMRT 文库 ≥50 X 1 Scaffold
          0 Gap
          少量菌株测序
          精确到位
          60个自然日

          信息分析

          分析内容=标准分析+高级分析。
          不同精细程度的细菌基因组信息分析,解密细菌的发展历程,探究其潜在价值。

          基因组组装 基因组组装及结果评估 组装获得高质量的基因组序列
          基因组结构研究 编码/非编码基因预测 准确定位变异位点
          重复序列分析 分析基因组重复序列结构
          基因岛预测 预测基因组内基因岛结构
          基因基本功能注释 常见功能数据库注释
          (NR、GO、KEGG、COG、SwissProt)
          通过常见权威数据库解释编码基因功能
          全基因组功能圈图展示(精细图/完成图) 全面总览基因组组分情况
          基因组甲基化修饰分析(完成图) 总览基因组甲基化修饰情况
          菌株致病相关研究 分泌系统效应蛋白、病原与宿主互作、分泌蛋白、次级代谢产物基因簇 从胞外分泌、宿主互作等机制解释菌株致病性
          动物病原数据库注释(VFDB、ARDB) 动物毒性及耐药性相关基因
          植物病原数据库注释(CAZy) 纤维降解及糖类代谢相关基因
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          深入到位的数据挖掘

          不论是个体深入变异解析,还是群体进化历史解读,我们都有完备的解决方案,
          为您解决关心的生物学问题。

          研究目标 应用技术 对应问题
          个体深入变异解析 基因组间共线性分析 基因组一对一共线性比较
          寻找基因组间同源序列
          基因组间变异检测 以共线性区域为基础
          全面解析基因组间变异信息
          群体进化历史解读 Core-pan基因解析 构建Core-pan基因集合
          单拷贝基因用于进化分析
          进化树构建 构建菌株间进化关系
          解析菌株起源传播规律

          悦读高质量测序数据,尽享HPC澎湃动力

          细菌基因组测序采用先进的HiSeq 4000测序平台,快速、高效地读取高质量的测序数据。
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          实现快速稳定的测序数据分析及交付。随着公司业务的发展,高性能计算平台将会持续更新并扩容,
          以保证高效的数据处理和安全的数据存储。

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          细菌基因组完成样品数超过2,000个,项目合作领域涵盖了动植物致病菌、工业菌、益生菌、环境菌株等广泛领域。
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